Sejalan dengan tren perikanan dunia dimana pengelolaan perikanan yang baik menjadi tolok ukur konsumen dalam memilih produk seafood, beberapa perikanan di Indonesia saat ini melaksanakan program perbaikan pengelolaan perikanan dengan pendampingan dari WWF-Indonesia. Perbaikan pengelolaan perikanan ini penting, mengingat berdasarkan Kepmen Kelautan dan Perikanan 45/2011 tentang estimasi potensi perikanan di Indonesia, menunjukkan bahwa stok perikanan Indonesia didominasi oleh status tangkap penuh dan tangkap lebih. Upaya pemulihan stok perikanan nasional seharusnya mengarah kepada pengaturan jumlah penangkapan atau jumlah ikan tertangkap yang dibuat secara ilmiah dan transparan. Pengaturan jumlah tangkapan dengan membuat harvest control rule (HCR) atau pengaturan pemanfaatan perikanan, menjadi sebuah solusi paling realistis untuk menegakkan kedaulatan pangan Indonesia. Pentingnya HCR dalam pengelolaan perikanan adalah untuk mengatur pola pemanfaatan atau mengembalikan stok alamiah ikan sehingga suatu perikanan dinyatakan sehat kembali. Stok dapat kembali pulih dalam jangka waktu tertentu jika dua kaidah berikut terpenuhi. Pertama, daya dukung lingkungan tidak berubah secara drastis sehingga merubah ekosistem secara umum. Misalnya terjadi gempa yang membuat ekosistem rusak secara keseluruhan, polusi atau sedimentasi tinggi yang membuat habitat dan ekosistem rusak parah. Kedua, penangkapan ikan dilakukan dengan memperhitungkan jumlah upaya dan jumlah tangkapan, yang terdiri dari tingkat kematian ikan baik secara alamiah atau karena aktivitas penangkapan, biologi ikan serta pengelolaan ekosistem. Pengaturan jumlah ikan tangkapan atau pengaturan jumlah upaya pemanfaatan menjadi output dari analisa HCR menggunakan parameter-parameter seperti jumlah ikan tangkapan, jumlah upaya, biologi serta ekologi ikan. Jumlah maksimal dan jumlah minimal pemanfaatan yang diperbolehkan, ketika dikombinasikan dengan HCR dapat memberikan hasil maksimal dalam pengelolaan sumberdaya ikan untuk memastikan keberlanjutan sumberdayanya. WWF-Indonesia melaksanakan kegiatan lokalatih pengaturan pemanfaatan perikanan di kantor Sunda Banda Seascape, Denpasar, Bali, pada 11 September 2014, dengan mengundang Imam Syuhada dari Rhode Island University. Dalam lokakarya sehari ini diberikan teori serta dilaksanakan praktik untuk dapat membuat pengaturan pengelolaan perikanan, serta bagaimana mengatur pemanfaatan untuk sumberdaya yang jumlah tangkapannya sudah mengalami overfishing dan memiliki keterbatasan data. Tindak lanjut dari pelaksanaan lokakarya ini, WWF-Indonesia berencana untuk mengimplementasikan metode ini di Flores Timur serta Banggai.